تتكون إدارة الحسابات من ثلاثة أقسام هي: قسم المراجعة، وقسم القيد والصرف، وقسم الخزينة، وتختص الإدارة بالآتي:إعداد مشروع الموازنة السنوية والحساب الختامي للهيئة وفقاً للأنظمة المالية النافذة وما يصدر عن المجلس بهذا الشأن.
إدارة وتصريف الأنشطة المالية اليومية للهيئة، ومراجعة كافة الاستحقاقات للعاملين في الهيئة، واستيفاء الأوليات المؤيدة للصرف واستكمال الإجراءات القانونية.
تنظيم وضبط الحسابات وفقاً للدليل الحسابي المعتمد، وإجراء القيود المحاسبية، وقيدها في الدفاتر والسجلات المحاسبية.
مراجعة المصروفات والتحقق من استيفاء كافة المستندات المؤيدة للصرف.
صرف المستحقات المالية لقضاة وموظفي الهيئة حسب المستندات المؤيدة للصرف.
أرشفة وحفظ وثائق الصرف وإشعارات البنك بعد استكمال إجراءات القيد والصرف.
متابعة المستحقات المالية للهيئة لدى الجهات المعنية.
الإشراف على الخزينة وجرد محتوياتها دورياً وسنوياً.
إعداد التقارير المالية الدورية والسنوية وإبداء الرأي والملاحظات بشأنها ورفعها إلى رئيس الهيئة.

تختص إدارة الموارد البشرية بالآتي:
1. معالجة المسائل الإدارية المتعلقة بموظفي الهيئة من تعيين وندب ونقل واستقالة وترقية وترفيع وتقاعد ونحو ذلك.
2. تصريف الشئون الإدارية المتعلقة بالنشاط اليومي للهيئة.
3. إعداد قاعدة بيانات لموظفي الهيئة، وتحديثها أولاً بأول بحسب التغييرات القانونية والوظيفية التي تطرأ على الموظفين.
4. مراقبة الانضباط الوظيفي، وتطبيق النظم الخاصة بالضبط الإداري وحالات الإجازات.
5. حفظ وأرشفة الملفات الخاصة بموظفي الهيئة، واستيفاء الوثائق الخاصة بهم، وتنظيم البيانات والمعلومات المتعلقة بهم.
6. إعداد الأوامر الإدارية، وقيدها بعد صدورها في سجل خاص بها، وإبلاغ المعنيين بنسخ منها.
7. تطبيق نظام تقييم كفاءة الأداء السنوي لموظفي الهيئة، واقتراح برامج تدريبهم وتأهيلهم.
8. إعداد وتحديث البطائق الوظيفية للموظفين.
9. وضع نظام لتوصيف وظائف العاملين بالهيئة، والعمل على مراجعة النظام بصورة دورية لتحديثه وتطويره، واقتراح خطة التوظيف وفقاً لاحتياجات الهيئة.
10. إعداد التقارير الإدارية الدورية والسنوية، وإبداء الرأي والملاحظات بشأنها، ورفعها إلى رئيس الهيئة.

تختص إدارة الاستحقاقات بالآتي:
1. معالجة مسائل المرتبات والبدلات والعلاوات والحوافز وغيرها لقضاة وموظفي الهيئة.
2. معالجة المسائل المالية المتعلقة بموظفي الهيئة المرتبطة بحالات التعيين والندب والنقل والاستقالة والترقية والترفيع والتقاعد ونحو ذلك.
3. إعداد كشوفات المرتبات والأجور الإضافية وأي مستحقات أخرى لقضاة وموظفي الهيئة.
4. إعداد العروض بالمستحقات القانونية لقضاة الهيئة وموظفيها، وما قد يتعلق بها من زيادة أو خصم أو تنزيل، والرفع إلى رئيس الهيئة.
5. المشاركة في إعداد مشروع الموازنة السنوية والحساب الختامي للهيئة، وموافاة إدارة الحسابات بالزيادات السنوية المتوقعة في المستحقات القانونية لقضاة وموظفي الهيئة.
6. إعداد التقارير الدورية بالمستحقات التي تم صرفها أو التي تأخر أو تعذر صرفها، وإبداء الرأي والملاحظات بشأنها، ورفعها إلى رئيس الهيئة.

تتكون إدارة المشتريات والمخازن والخدمات من أربعة أقسام هي: قسم المشتريات، وقسم المخازن، وقسم الصرف والعُهد، وقسم الخدمات والصيانة، وتختص الإدارة بالآتي:تقدير احتياجات الهيئة من الأثاث والأجهزة والأدوات والمطبوعات وغيرها، واتخاذ الإجراءات اللازمة لشرائها وتخزينها وصرفها وفقاً للقوانين والنظم النافذة.
المشاركة في لجان المناقصات وتحليل العطاءات، وإعداد مشروعات عقود المقاولة والتوريد.
المشاركة في إعداد مشروع الموازنة السنوية والحساب الختامي للهيئة.
تنظيم المخازن وإدارتها وفقاً للقوانين والنظم النافذة.
المشاركة في الجرد الدوري والسنوي وإعداد الكشوفات والتقارير المتعلقة بذلك.
الإشراف على إجراء عمليات التسليم والاستلام بين العاملين في الهيئة.
القيام بالخدمات الداخلية للهيئة، واتخاذ الإجراءات الكفيلة بصيانة مقر الهيئة ونظافته، وعمل الترميمات الضرورية، والمحافظة على أثاث الهيئة وأجهزتها وأدواتها، وصيانتها.